Sesuai dengan Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga PPPK Petra, Dewan Pengurus terdiri atas Pengurus Harian dan Pengurus Komisi-komisi. Pengurus Harian dipilih dalam Rapat Umum Anggota Tahunan dan Pengurus Harian terpilih diberi wewenang untuk melengkapi Komisi-komisi.

Pengurus Harian terdiri atas tiga Ketua, tiga Sekretaris, dan dua Bendahara.

Komisi-komisi terdiri atas Komisi Penelitian dan Pengembangan Strategis; Komisi Pendidikan, Pengajaran, dan Hubungan Kerja Sama; Komisi Kerohanian, Pengembangan Karakter, dan Kesejahteraan; Komisi Pengembangan Sumber Daya Manusia dan Sarana Prasarana; Komisi Keuangan.

Satu masa bakti Anggota Dewan Pengurus adalah tiga tahun.

Masa bakti Pengurus Harian paling lama dua kali masa bakti berturut-turut.